Новая история музея началась в постперестроечный период. В 1991 году его руководство и сотрудники поняли, что судьба музея находится только в их руках.

«Совесть историка, его ответственность привели к тому, что мы назвали себя музеем «политического безбрачия» и стали работать именно так, – рассказывает генеральный директор музея Артёмов Евгений Григорьевич. – Мы предъявляем историю, а вы, посетители, размышляйте, делайте сами выводы. И было бы хорошо, если бы после сделанных выводов, Вы совершали свои гражданские поступки, тем самым участвуя в создании истории».

В это время музей получил свое современное название – «Музей политической истории России». Также была поставлена задача – привлечь в музейные пространства молодёжь и детей, в связи с этим один из его филиалов, на Болотной улице, стал «Детским музейным центром исторического воспитания», в котором принцип музейного пространства «Экспонаты руками не трогать!» диаметрально изменен: обязательно трогать!

«Надо включать все органы чувств ребенка», – поясняет Евгений Григорьевич.

По его словам, в начале работы у некоторых сотрудников были опасения, касающиеся сохранности экспонатов, но сейчас, когда некоторые из них прошли через десятки тысяч детских рук, они выглядят так, как будто их только что достали из хранилища: настолько бережно и осторожно дети к ним относятся, понимая, что из себя представляет исторический предмет.

В 1994 году в главном здании музея был создан «Детский исторический музей» – один из первых детских музеев в России. Здесь дети в игровой форме, погружаясь в специально спроектированную историческую среду, получают первые знания об истории страны и своего города; учатся думать и оценивать исторические события, а также уважать традиции и чужие убеждения.

На данный момент в музее работает 160 сотрудников и находится более 500 000 объектов хранения, при этом около 300 тыс. было собрано с 1957 года.

Музей бурно развивается, и это не удивительно, ведь, как говорит его директор Артёмов Е.Г., «практически нет ни одной отрасли человеческой деятельности, которая не касается политики».

На протяжении нескольких последних лет в музее в рамках проекта «Общество и политика» выходят выставки: «Культура и политика», «Мода и политика», «Спорт и политика», «Продовольственная программа и политика», «Бизнес и политика», которые экспонируются на просторах России. Готовится к открытию небольшая, но очень интересная выставка «Театр и политика».

«Нашими выставками мы стараемся показать, какая у нас в стране интересная жизнь!» - заключает Евгений Григорьевич.

«Музей продолжает развивается и не только с концептуальной, но и с точки зрения новых форм коммуникации с посетителем. Музей следит за научными изысканиями мирового и общероссийского масштаба, и, конечно же, проводит свои исследования. Ежегодно в музее открываются новые масштабные экспозиции, происходит реэкспозиция выставок. Наши планы всё время ведут нас вперед,» – рассказывает заведующая экскурсионным отделом музея политической истории, кандидат исторических наук Елена Анатольевна Лысенко.

Ежегодная посещаемость музея – 130-140 тыс. посетителей в год, в 2017 году, в годовщину столетия революции, количество возросло до 160 тыс. Примерно 65 тыс. посетителей – обучающаяся аудитория, от которой, по словам директора музея, зачастую можно услышать слова: «Мы любим этот музей за то, что он нам показывает честь и историю России». И это - самая важная оценка для сотрудников музея!

В год своего столетия, осенью 2019 года, музей стал победителем в главной номинации «лучший музей славянских стран» на международном музейном конкурсе «Жива», также на профессиональном конкурсе в области музейного дела «Музейный Олимп-2019» был признан лучшим сразу в двух номинациях: выставкой года стала выставка «Музей особого назначения. К 100-летию Государственного музея политической истории России. 1919-2019»; в «Номинации года» к 75-летию полного освобождения Ленинграда от блокады победила музейная выставка «Ленинградское дело: город и люди». Генеральный директор музея Евгений Григорьевич Артёмов получил специальный приз «За выдающийся вклад в развитие музейного дела».

Герои музейных экспозиций – партийные лидеры и ударники труда, сотрудники НКВД и заключенные ГУЛАГа, диссиденты и представители андеграунда. Экспонаты, художественные объекты, свидетельства очевидцев показывают, как влияли на ход истории поступки тех, кто находился на вершине власти, и самых обыкновенных людей. В музее воссозданы интерьеры «коммуналки», жилого барака строителей заводов-гигантов первых пятилеток, андеграундной «котельной» 1980-х гг.

В 1917 году особняк Кшесинской оказался в центре политических событий: именно в нем в течение нескольких месяцев располагался штаб большевиков. Сотрудники музея в 1987 году воссоздали рабочую комнату Владимира Ленина, с балкона которой он выступал перед рабочими и солдатами Петрограда, и комнату секретариата РСДРП(б). Этот мемориал под названием «Гений и место» является единственной постоянной экспозицией музея, остальные постоянно обновляются, а это 2 тыс. выставочных площадей и 2 филиала музея.